Análise Matrix

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Após a fulga dos três da realidade simulada, Morpheus e Trinity regressam a nave mas Neo é impedido pelo agente Smith, em vez de correr, ele decide lutar contra o agente. Neo habilidosamente combate Smith demonstrando igualmente sua capacidade como o agente. Algo considerado impossível para seres humanos, no final Neo é capaz de vence-lo atirando-o na frente do um trem. Smith então assume o corpo do piloto e sai da estação. Percebendo que tratava de uma luta que não poderia vencer, Neo corre para fora da estação e é perseguido por Smith e seus agentes parceiros. Mas Neo é capaz de despistá-los e conseguir uma a linha telefonica para a conexão mas acaba caindo em uma armadilha e é fatalmente atingido pelo agente Smith, quando isso acontece com uma pessoa conectada em uma realidade simulada da Matrix e esta morre, seu corpo fisico também morre. Trinity vendo o corpo de Neo morrer com seu espírito ainda na Matrix, diz ao seu corpo que ele ainda não pode morrer e que o Oráculo anunciára que ela se apaixonaria pelo escolhido, ele se levanta e os agentes começam a atirar novamente, ele começa a perceber o codigo padrão que rege toda a estrutura da Matrix, ele levanta sua mão e as palas param no ar e seguindo seu olhar elas caem no chão. Acreditando mais plenamente em seus ressem descobertos poderes, sem nenhum esforço Neo ataca o Smith mergulhando no próprio corpo do agente para destruído por dentro.

O filme então acaba com Neo deixando uma mensagem virtual para as máquinas, com uma advertencia. Que ele vai se opor libertando tantas mentes humanas quanto forem possível.